Covid-19 : Déconfinement, seconde vague, mutations et trêve estivale

Le gouvernement a annoncé un déconfinement général le 11 mai, avec une stratégie de sortie de confinement confirmant que la priorité c’est le maintien des profits, pas la santé de la population. Une seconde vague de contamination semble inévitable de l’aveu de certain·es spécialistes et rien ne semble indiquer pour le moment que le virus ralentirait sa progression une fois que l’hiver sera passé (n’en déplaise à Donald Trump). Une autre crainte qui est soulevée serait le taux de mutation du SARS-COV-2 qui annoncerait l’apparition d’une souche plus virulente que celle que nous vivons actuellement. Or le lien entre mutation (rapide ou non) du virus et sa virulence n’est pas avéré et ne fait pas nécessairement sens si l’on se réfère au processus de sélection naturelle de la théorie de l’évolution.

Que penser de la stratégie de sortie de déconfinement annoncée par Macron ?

Le nombre de nouvelles contaminations en France semble diminuer, nous avons dépassé le pic de l’épidémie depuis la semaine du 6 avril. Macron a ainsi annoncé un déconfinement pour le 11 mai.

Il faut d’abord noter que le déconfinement aura lieu plus tôt pour bien des salarié·es, puisque maintenant il n’est plus question d’activités essentielles, mais d’activités qui peuvent fonctionner en respectant les gestes barrières. Autant dire que le travail va reprendre dans bien des entreprises dès la semaine du 20 avril, avec son lot de contagions, sur le lieu de travail ou dans les transports en commun. Nous renvoyons ici au communiqué général de l’UCL [1].

Ensuite, il y a la question du matériel de protection : y en aura-t-il assez le 11 mai, et dès maintenant pour les secteurs qui reprennent ? On peut sérieusement en douter quand dans bien des hôpitaux l’accès au matériel est encore en tension.

La réouverture des crèches, écoles, collèges, lycées a pris tout le monde de court. Il est admis que les enfants sont dans la majeure partie des cas asymptomatiques, donc que le virus n’est pas dangereux pour eux (moins de 10 enfants de moins de 15 ans sont morts du coronavirus dans le monde depuis le début de l’épidémie), bien qu’il se transmette très vite entre eux puisqu’il est difficile de leur faire respecter les gestes barrières.

La réouverture des écoles

La question encore en débat est de savoir s’ils sont contagieux, et cette question se pose globalement pour tous les porteurs asymptomatiques. Le professeur Raoult, encore lui, aurait pesé auprès de Macron sur la décision de rouvrir les écoles [2] (rappelons que Macron lui a rendu visite le 10 avril). Pourtant son étude sur le sujet ne dit que deux choses : que les enfants sont peu symptomatiques et que leur charge virale n’est pas supérieure à celle des adultes, ce qui ne veut pas dire qu’elle est inférieure !

Les enfants pourraient donc attraper massivement le virus dans les écoles et le transmettre à leurs parents, grands-parents etc. Encore une fois le professeur Raoult privilégie la communication, sans la moindre base scientifique, avec des conséquences qui peuvent être dramatiques. Et Macron est bien content de trouver des arguments pseudo-scientifiques pour appuyer cette décision dont l’unique but est de renvoyer les parents au travail.

Dans l’attente d’en savoir plus sur la contagiosité des enfants et des asymptomatiques en général, le principe de précaution aurait dû prévaloir : il aurait fallu laisser les écoles fermées, ce que quasiment tous les scientifiques recommandaient. Par ailleurs, les gestes barrières devront être respectés au sein des établissements, ce qui est plus que complexe et ne sera sans doute pas prêt pour le 11 mai.

L’épineuse question des tests et du dépistage

Macron a annoncé un dépistage uniquement pour les personnes symptomatiques. Cette décision est évidemment guidée par le manque de capacité de production de tests. Dans tous les cas, il y a un consensus scientifique sur le fait que les tests des personnes symptomatiques sont presque sans intérêt, puisqu’on sait déjà qu’elles sont malades, les tests permettent juste de confirmer s’il s’agit du Covid-19.

Il est indispensable d’embrayer sur un dépistage des personnes contacts de la personne infectée (famille, collègues, voisins etc.) pour déterminer s’ils sont malades avant que ne se présentent les symptômes, ce qui permet de gagner un temps précieux sur la propagation de l’épidémie. La question se pose par ailleurs de tester massivement certaines populations : soignant·es, enfants, population dans une zone « cluster », voire toutes les personnes souhaitant être testées.

Pour autant, le gouvernement envisage une appli de contact tracing permettant de faire numériquement, et donc plus rapidement, les enquêtes de dépistage. Cela semble incohérent avec le fait de ne tester que les symptomatiques. Mais cela pose surtout nombre de question à la fois sur l’efficacité et sur le coût en terme de libertés individuelles [3] et nous reviendrons sur ce sujet dans un prochain article.

Macron a évoqué les tests sérologiques en expliquant que seule une petite partie de la population aura été infectée et sera donc immunisée, ce qui semble suggérer que ces tests sont inutiles. Le conseil scientifique évoque en effet une proportion d’immunisés « peut-être autour de 10-15% » mais sur la base des tests réalisés dans l’Oise et le Grand-Est, donc des régions très touchées. On est donc sans doute très loin, à l’échelle du pays, des 60% approximativement nécessaires pour atteindre l’immunité de groupe.

Combien de temps est-on immunisé ?

Rappelons par ailleurs que la durée de l’immunité est aujourd’hui inconnue, mais sans doute de l’ordre de quelques mois. Reste la question de déterminer la proportion d’asymptomatiques. La France ne va donc pas le faire, pour des raisons obscures, mais l’Allemagne est de toutes façons en train de mener des études sur le sujet. L’autre intérêt de ces tests sérologiques serait de pouvoir « utiliser » les populations immunisées pour des tâches auprès des malades, ce qui pourrait en particulier avoir un intérêt parmi les soignant·es et les personnels d’Ehpad. Là non plus, aucune annonce.

Macron n’a rien dit de la chloroquine, à part que toutes les pistes étaient explorées, ce qui est cohérent avec, par exemple, l’étude Discovery de l’Inserm, qui teste 5 molécules.

Un virus plus virulent n’est pas forcément plus dangereux

En lien avec les interrogations autour de la deuxième vague, des craintes sur d’éventuelles mutations du virus s’expriment parfois. Le coronavirus SARS-COV-2, comme n’importe quel autre virus, mute en effet plutôt rapidement. Notons toutefois que, parmi les virus, le taux de mutation du SARS-COV-2 semble en fait plutôt bas : 2 mutations/mois en moyenne [4]. Mais il ne faut ici pas se tromper de question : l’enjeu n’est pas de savoir si une mutation rendant le virus plus virulent peut exister (la réponse est trivialement oui) mais plutôt de savoir si une telle mutation (plus virulente) possède une vraie chance d’être la gagnante du processus de sélection naturelle.

En effet, les ressources à disposition du coronavirus – en l’occurrence, la population humaine mondiale – sont limitées, et la sélection naturelle pousse donc le virus à s’adapter pour survivre. Dit autrement, une mutation du virus qui le rendrait incapable de se propager, de contaminer de nouveaux humains, ou de se répliquer, disparaîtrait dès la guérison du premier cas contaminé. Au contraire, pour qu’une mutation ait le plus de probabilité de s’adapter et que sa fréquence dans la population de virus augmente, il faut que la mutation confère ce qu’on appelle un avantage sélectif : un meilleur taux de contamination, une réplication plus rapide, etc.

En approchant ainsi la question, on comprend mieux pourquoi la virulence d’un virus, définie comme sa capacité à rendre l’hôte malade, voire à entraîner son décès, n’est jamais un avantage pour le virus lui-même. Un hôte malade va moins se déplacer, être moins en contact avec d’autres hôtes potentiels, et – dans le cas qui nous préoccupe – risque même de finir à l’isolement dans un service de réanimation. Tout le contraire d’une adaptation réussie.

Une adaptation réussie, pour un virus, consiste au contraire à être le moins virulent possible, afin de passer inaperçu et de pouvoir tranquillement se répliquer et se propager. C’est d’ailleurs un des gros « avantages » du SARS-COV-2. Toutes les personnes porteuses du virus n’ont pas forcément de symptômes, ce qui facilite sa propagation dans la population.

La virulence est, pour un virus, une conséquence secondaire indésirable. Quand celle-ci augmente, c’est qu’elle est liée à une autre propriété du virus qui, elle, est sélectionnée par l’évolution – comme par exemple le fait que le VIH, en se répliquant dans l’organisme, affaiblisse les défenses immunitaires.

Or les mutations continues du coronavirus SARS-COV-2 n’ont pour l’instant aucune raison d’évoluer vers davantage de virulence ou de létalité : son « succès » est pour l’instant remarquable et très peu d’obstacles s’opposent à lui. Les virologistes et les épidémiologistes considèrent pour le moment qu’une « nouvelle souche plus virulente » n’a que peu de chance de se manifester dans un futur proche. Si évolution et sélection il doit y avoir à court terme, alors il faut plutôt s’attendre à ce que celles-ci poussent vers un meilleur taux de transmission (le nombre moyen d’individus que le virus contamine en une journée). En effet, le coronavirus est encore loin d’avoir infecté toute la population mondiale et, en un sens, baigne toujours dans une piscine d’hôtes potentiels. Une mutation qui lui permettrait d’accélérer sa propagation aurait, elle, pour le coup un vrai avantage sélectif.

Une trêve estivale du Coronavirus ?

De l’autre côté de l’Atlantique, Donald Trump a déclaré il y a plusieurs semaines que le virus ne pourrait pas survivre à l’été, appuyé par une poignée de scientifiques chinois, et faisant écho à la rumeur qui voudrait que le virus ne supporte pas la chaleur. Est-ce que le virus disparaîtrait effectivement en été, et quels sont les éléments à l’origine de cette hypothèse ?

Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé globale de Genève, et l’infectiologue Anne-Claude Crémieux déclaraient déjà, en février, qu’il n’est pas possible de prédire si le virus sera ou non influencé par les saisons comme d’autres virus connus [5].

Pour les autres virus, les raisons de cette saisonnalité sont multiples. Premièrement, ils se conservent mieux sur les mains et les surfaces inertes dans un environnement froid et sec comme l’avancent Olivier Schwartz, directeur de l’unité Virus et Immunité de l’Institut Pasteur, et Frédéric Tangy, responsable du laboratoire de génomique virale et vaccination à l’Institut Pasteur. Jeremy Rossman, professeur de virologie à l’université du Kent, au Royaume-Uni, ajoute que la durée d’ensoleillement en hiver provoque des carences en vitamine D et en mélatonine, et que l’air sec de cette période diminue l’efficacité du mucus nasal, ce qui affaiblit le système immunitaire et rend plus perméable aux virus et aux infections.

Anne-Marie Moulin (chercheuse au laboratoire SPHERE du CNRS) explique que ce ne sont que des réflexions, par analogie avec des virus connus, sans recul sur le comportement propre au Covid-19. Il semblerait également que d’autres paramètres, comme le vent, influencent significativement la propagation à grande échelle ce qui complexifie l’analyse du comportement saisonnier des virus et des infections. Scott Dowell (épidémiologiste qui dirige le développement et la surveillance des vaccins pour la fondation Bill & Melinda Gates) déclare que la saisonnalité des virus n’est pas vraiment bien comprise et qu’il s’agit d’un axe de recherche majeure de l’épidémiologie.

Pour le Covid-19, une étude de l’université de Beihang (Chine) du 3 mars 2020 indiquerait qu’un environnement chaud et humide accélère l’évaporation des microgouttelettes responsables de la propagation du Covid-19, ce qui ralentirait considérablement la contamination [6]. David Heymann, de la London School of Hygiene and Tropical Medicine, relativise en indiquant que les données propres à la pandémie que nous subissons ne sont pas suffisantes pour tirer des conclusions sur sa saisonnalité. De plus, des tests menés sur le coronavirus indiquent une résistance à la chaleur relativement élevée par rapport à d’autres virus [7]. Les auteurs rappellent par ailleurs que la contamination à Singapour, en Australie, ou encore sur le continent africain montre bien que le virus se propage quel que soit le climat. Lorsque les deux hémisphères du globe sont touchés, on ne peut pas attendre un effet significatif des saisons sur sa vitesse de propagation.

En conclusion, on peut difficilement penser que l’été ralentira le virus, les différent·es intervenant·es scientifiques indiquent d’ailleurs que l’histoire ne compte aucune épidémie ou pandémie de grande ampleur qui se soit arrêté avec des changements de saisons [8]. Relâcher la vigilance sanitaire face au virus sous prétexte que la chaleur de l’été atténuerait sa propagation serait une prise de risque qui ne manquerait pas d’entraîner des conséquences désastreuses.

Et la deuxième vague ?

Le 23 janvier, la Chine déclarait le confinement de sa population suite à l’accélération catastrophique de l’épidémie de Coronavirus (Covid-19, SRAS-COV-2) notamment dans la province de Wuhan, considérée comme le premier foyer infectieux. Deux mois plus tard, le 25 mars, le déconfinement est amorcé, sauf pour la province de Wuhan qui a dû attendre le 6 avril. La presse relaie massivement le retour à une activité normale de la population de façon étonnement rapide sur l’ensemble du territoire. Cependant, une nouvelle augmentation du nombre de cas (55 nouveaux cas dans la province du Henan au nord de celle de Wuhan) fait craindre au gouvernement chinois l’arrivée d’une deuxième vague de contaminations à laquelle leur système de santé ne serait pas préparé.

Ailleurs en Asie du Sud-Est, où l’épidémie semblait également contenue, une nouvelle explosion du nombre de cas a déjà poussé la Malaisie et Hong-Kong à relancer un plan de confinement. Cette réaction semble aller dans le sens des recommandations de l’OMS qui demande à cette région du monde de « mener une lutte violente contre l’épidémie » [9] afin de ne pas entraîner la chute de leurs systèmes de santé.

Sur place, les expert·es comme Zhong Nanshan, chef de l’équipe d’experts chinois sur le Covid-19, considèrent qu’elle peut être attribuée à des voyageurs européens, ou au retour d’expatriés des pays concernés. Ils assurent que l’épidémie sera terminée en avril et que l’épicentre de la pandémie est d’ores et déjà aux États-Unis où le Covid-19 fait des ravages.

Cependant, d’autres événements pourraient être à l’origine de ce rebond de l’épidémie. Un rassemblement religieux de 16.000 personnes à Kuala Lumpur aurait pu entraîner l’apparition d’un nouveau foyer infectieux et une résurgence de la contamination notamment en Malaisie. Cette nouvelle vague de contaminations interroge également sur le faible nombre de malades déclarés par la Birmanie et le Laos, pays voisins de la Malaisie, et donc la fiabilité de ces chiffres. Cependant, la raison de ce rebond du nombre de contaminations est plus probablement le pourcentage réduit de ces populations immunisées face au virus ou du fait de tests de mauvaise qualité qui auraient donné des faux positifs [10].

D’autres explications épidémiologiques semblent davantage pertinentes [11].

Benjamin Cowling, épidémiologiste de l’université de Hong Kong, considère une deuxième vague de contamination comme étant « totalement inévitable » et parle notamment de « propagation silencieuse » en faisant référence aux personnes contaminées mais asymptomatiques relâchées en masse après le déconfinement. Ma Jin, directeur de l’école de santé publique de l’université de Jiaotong de Shanghai, annonce lui aussi que « la lutte contre le coronavirus sera une bataille à long terme ».

Matthieu Revest, de l’université Rennes-I, considère qu’une seconde vague de contamination est inévitable mais qu’elle sera moins intense que celle que nous vivons actuellement. Antoine Flahault et François Bricaire, chef du service des maladies infectieuses à la Pitié-Salpêtrière, indique pour exemple que la grippe espagnole a fait 50 millions de morts en 3 vagues sur 2 ans entre 1918 et 1919.

Des simulations numériques prévoient déjà une deuxième vague de contaminations massives fin août en Chine si des mesures ne sont pas prises. En revanche, si le confinement était poursuivi jusqu’à la fin du mois d’avril, ce retour de l’épidémie pourrait être retardé de deux mois. Bien que ces modélisations aient leurs limites, elles semblent indiquer que le confinement, et les mesures sanitaires en général, ne doivent pas être interrompues au risque d’entraîner une deuxième vague de contaminations qui pourrait être très problématique pour nos systèmes de santé déjà en surchauffe.

Concluons par cette étude récente de l’Inserm [12] sur différents scénarios de sortie de confinements en Île-de-France. Afin de repousser un nouveau confinement à janvier 2021, il faudrait que le contact tracing soit relativement efficace, et qu’on alterne des mesures « légères » (fermeture des écoles, confinement des séniors, télétravail privilégié) et « moyennes » (fermeture de la moitié des activités non essentielles etc). Autant dire qu’on est loin d’une telle stratégie.

Groupe de travail Sciences de l’UCL, le 19 avril 2020